2016年6月3日，西藏自治区科技厅和西藏大学农牧学院在西藏大学农牧学院就设立“自治区自然科学基金--农牧学院厅校联合基金”正式签订合作协议。双方同意在自治区自然科学基金下共同设立“自治区自然科学基金--农牧学院厅校联合基金”（以下简称联合基金），主要资助西藏大学农牧学院从事自然科学基础研究工作。联合基金项目纳入自治区自然科学基金计划，按照自治区自然科学基金项目管理办法统一管理。联合基金经费由自治区自然科学基金和西藏大学农牧学院共同出资50％。从2016年起，每年各出资100万元。若需增加出资额度，由双方协商确定。联合基金分别设置重点项目、一般项目和青年项目。自治区自然科学基金每年安排不少于100万元额度资助一般项目；西藏大学农牧学院每年安排不少于100万元资助重点项目和青年项目。所有项目经费均须按照国家、自治区和学院相关管理办法执行，专款专用，单独核算，统一管理。
同时，《自治区自然科学基金--农牧学院厅校联合基金项目管理办法（试行）》由西藏自治区科技厅和西藏大学农牧学院正式联合行文执行。